Aynı yıl içerisinde yoldaşlarıyla tarihe Türkiye İşçi ve Çiftçi Fırkası olarak anılacak partiyi kurdu. TKP'nin I.Kongresi olan Bakü Kongresi'nde merkezi komite büro üyeliğine seçildi. Ancak dönemin koşullarından dolayı 1923 yılında 1 mayıs işçi bayramının  hemen arkasından  dağıttıkları bildiriden dolayı arkadaşlarıyla tutuklandı. Kısa süre yattıktan sonra TKP tarihinde ünlü “toparlanma” Kongre'sini örgütledi.

1 Ocak 1925 tarihinde gerçekleşen kongreyle tekrar genel sekreterliğe seçildi(Doktor Hikmet Kıvılcımlı da bizzat bu kongreye katılmış ve Genç Komünistler Birliği sekreterliği görevine getirilmişti). Kongre'nin hemen arkasından çıkan Takrir-i Sükun kanunuyla, Aydınlık (TKP'nin yayın organı)başta olmak üzere partinin bütün yayın organları kapatıldı.

Kadroları gözaltına alınıp “kanlı banyolardan” geçirildi. TKP genel sekreteri Şefik Hüsnü Değmer yurtdışına çıkmak zorunda kaldı. Viyana'da TKP'nin "dış bürosu" diye adlandıran bir faaliyet örgütlemeye çalıştı. 1926 yılında TKP Konferansı'nı topladı. Bir yıl sonra kimlik ve kılık değiştirerek ülkeye giriş yaptı. yaşanılan "iç tartışmalardan" dolayı partideki Vedat Nedim Tör elindeki tüm parti belgeleriyle polise giderek tüm parti evraklarını aynasızlara verdi.

Neticede ünlü 1927 "komünist tevfikatı" başladı. Şefik Hüsnü tekrar mahkemeye çıkartıldı ve yargılama sonucu 18 aya mahkum oldu. Nisan 1929'da cezaevinden çıktıktan sonra  hemen yurtdışına çıktı. Bu tarihten itibaren 1939 yılına kadar Avrupa'nın çeşitli ülkelerinde yaşadı. II. Dünya Savaşı sırasında Nazilerin saldırısı sonucunda kızını kaybetti.

1945 yılında tekrar yurda dönerek legal siyaset arenasında Türkiye Sosyalist Emekçi ve Köylü Partisi’ni kurdu. Partinin kurulmasında altı ay  sonra hem parti kapatıldı hem de Şefik Hüsnü tutuklandı. 1950 affıyla beraber cezaevinden çıktı. Yine TKP yöneticisi olmakla "suçlanarak"1951 yılında tutuklandı. Hapis cezasından sonra Manisa'da sürgün cezasını çekmekteyken öldü. Hala TKP tarihinde en çok konuşulan-tartışılan isimlerden biridir.